Biomonitoring w neuroanatomii…?

Biomonitoring i układ limbiczny? Biomonitoring i białka wiążące wapń? Biomonitoring i ontogeneza? Jak połączyć zagadnienia poruszane w mojej pracy doktorskiej z biomonitoringiem? Czy to w ogóle jest możliwe? Im dłużej o tym myślałam tym bardziej absurdalne mi się to wydawało, aż w końcu… Prowadzone przeze mnie badania dotyczą zmian w ekspresji białek wiążących wapń oraz peptydu CART (transkrypt regulowany kokainą i amfetaminą) w wybranych strukturach limbicznych w ontogenezie świnki morskiej.

Na początku chciałabym wyjaśnić czym w zasadzie jest biomonitoring. Według ogólnie dostępnej w Internecie definicji, biomonitoring, zwany również monitoringiem biologicznym bądź monitoringiem przyrodniczym to „działania polegające na obserwowaniu i ocenie stanu oraz zmian zachodzących w ekosystemach, składnikach różnorodności biologicznej i krajobrazowej, w tym typach siedlisk przyrodniczych, populacjach i gatunkach, a także działania służące ocenie skuteczności stosowanych metod ochrony przyrody”. Teraz, kiedy stało się jasne, że pojęcie biomonitoringu można odnieść do oceny zmian jakie zachodzą np. w ekosystemie to przypuszczalnie można byłoby je wykorzystać również do oceny zmian w ekspresji białek w strukturach układu limbicznego w różnych stadiach rozwojowych danego organizmu. Tak jak ekosystem stanowi dynamiczny układ, na który składa się zespół organizmów połączonych relacjami troficznymi wraz ze środowiskiem przez nie zajmowanym, tak układ limbiczny stanowi swojego rodzaju dynamiczną, połączoną wzajemnymi relacjami sieć neuronalną struktur korowych i podkorowych.

Układ limbiczny, inaczej zwany rąbkowym bądź brzeżnym, jest układem, którego czynność związana jest z procesami uczenia się i zapamiętywania, funkcjami wykonawczymi procesów poznawczych oraz z wyrażaniem stanów emocjonalnych i wzorców zachowań. Układ ten określany jest także jako układ szybkiego reagowania. To francuski anatom, Paul Pierre Broca, wprowadził pojęcie „limbiczny” w 1878 r., natomiast pojęcie „układu limbicznego” zostało zaproponowane przez MacLeana znacznie później, bo w 1952 r. Pomimo upływu lat nadal nie ma zgodności co do tego, które struktury budują układ limbiczny. Wiadomo jednak, że efektywne działanie tego układu możliwe jest wyłącznie dzięki współdziałaniu z innymi układami w mózgu. Istotną rolę w funkcjonowaniu i prawidłowym rozwoju struktur układu limbicznego (m.in. przegrody czy zakrętu obręczy) odgrywają białka wiążące wapń. Do grupy tych najbardziej swoistych dla ośrodkowego układu nerwowego zalicza się: kalbindynę, kalretyninę oraz parwalbuminę. Zróżnicowana i specyficzna dystrybucja białek wiążących wapń w strukturach układu limbicznego w określonych stadiach rozwojowych, spowodowała, że uznano je za markery komórkowe w badaniach neuroanatomicznych i ontogenetycznych. Ich zaangażowanie w utrzymanie wewnątrzkomórkowej homeostazy wapniowej zapewnia właściwe funkcjonowanie komórek nerwowych. Wewnątrzkomórkowy poziom jonów wapnia musi podlegać ścisłej kontroli, ponieważ ich nadmiar może prowadzić do neurotoksyczności i śmierci komórek. Postuluje się, że białka wiążące wapń pełnią ważną rolę w regulacji podziałów komórkowych, a także w procesie migracji i różnicowania komórek, których błędy mogą mieć konsekwencje np. w chorobach układu nerwowego. Co ciekawe, obecność białek wiążących wapń jest niezbędna do prawidłowego rozwoju mózgu.

Fakt, że w niektórych chorobach neurodegeneracyjnych następuje zmiana w poziomie ekspresji białek wiążących wapń, wskazuje na ich doniosłą rolę i potrzebę prowadzenia tego typu badań. Warto podkreślić, że dotychczasowe badania potwierdzają zmiany w dystrybucji neuronów zawierających te białka nie tylko w niektórych stanach patologicznych ale i w prawidłowej ontogenezie. Warto nadmienić, że stosunkowo niedawno odkryty neuropeptyd CART, występujący w licznych strukturach układu limbicznego, również wykazuje właściwości neuroprotekcyjne na poziomie subkomórkowym i bierze udział w rozwoju ośrodkowego układu nerwowego. Jak do tej pory, złożony charakter ekspresji badanych białek uniemożliwia, przypisanie im określonej funkcji w procesie dojrzewania struktur układu limbicznego.

W związku z powyższym, myślę, że takie „biomonitorowanie” zmian w ekspresji białek wiążących wapń oraz peptydu CART w strukturach układu limbicznego w ontogenezie świnki morskiej poszerzy dotychczasową wiedzę na temat rozwoju struktur związanych z uczeniem się, zachowaniem i pamięcią.

Beata Hermanowicz

Zbliżają się Olsztyńskie Dni Nauki i Sztuki

Jak co roku pracownicy Wydziału Biologii i Biotechnologii przygotowali wiele ciekawych propozycji w postaci wykładów, warsztatów, ćwiczeń, quizów, wycieczek i wystaw. Cały program znajduje się na stronie Olsztyńskich Dni Nauki: http://odn.uwm.edu.pl/  Na ilustracji wyżej przykładowa plansza z wystawy pt. "Krajobrazy Warmii i Mazur - dziedzictwo przyrodnicze i kulturowe regionu".

Zapraszamy do Kortowa już dzisiaj, warto zaplanować czas w dniach 24-26 września 2014 r.

St. Czachorowski

Strażnicy Natura 2000 - dostęp do informacji i udział społeczny w zapobieganiu i rozwiązywaniu konfliktów przyrodniczych

Zapraszamy serdecznie do udziału w konferencji „Strażnicy Natura 2000 - dostęp do informacji i udział społeczny w zapobieganiu i rozwiązywaniu konfliktów przyrodniczych”, którą organizujemy we współpracy z partnerem z Czech (Stowarzyszenie Arnika). Konferencja odbędzie się w kompleksie Hali Stulecia (obiekt UNESCO) ul. Wystawowa 1 we Wrocławiu w dniu 12 września 2014, godz. 10.30 – 17:00 w załączeniu program.

Konferencja podsumowuje dwuletni projekt „Strażnicy Natury 2000 - obywatelski monitoring działań administracji publicznej w ochronie przyrody”, który angażował organizacje pozarządowe i wolontariuszy w społeczny monitoring naruszeń obowiązujących przepisów w zakresie udostępniania informacji o środowisku. W jego trakcie zidentyfikowaliśmy najczęstsze problemy i nieprawidłowości w udzielaniu informacji przez samorządy gmin, miast wojewódzkich i Regionalne Dyrekcje Ochrony Środowiska, zarówno poprzez BIP jak i na wniosek. Jednym z głównych celów konferencji jest:

• przybliżenie stanu obecnego w Polsce w zakresie dostępności do informacji o środowisku i zaprezentowanie społecznych programów monitorujących tę problematykę,
• dyskusja na temat czy obecnie możliwa jest ochrona przyrody bez aktywności ludzi i czy jest ona zadowalająca,
• zainspirowanie dobrymi praktykami z zakresu udziału społecznego na rzecz zrównoważonego rozwoju lokalnego.

Z uwagi na ograniczoną liczbę miejsc prosimy o potwierdzenie uczestnictwa w konferencji do dnia 6 września 2014 mailowo: msawicka@eko.org.pl lub telefonicznie pod numerem 71-343-60-35. Na konferencji będzie także możliwość otrzymania najnowszych wydawnictw Fundacji EkoRozwoju.

Z poważaniem

Krzysztof Smolnicki, Prezes Fundacji EkoRozwoju

Fotorelacja z II wystawy dalii

Stanisław Czachorowski

Wiecej zdjęć

Wykorzystanie analiz metabolomicznych do oceny stopnia zanieczyszczenia środowiska

Tematem realizowanej przeze mnie pracy doktorskiej w Katedrze Fizjologii, Genetyki i Biotechnologii Roślin są: „Metaboliczne markery odpowiedzi i odporności siewek wybranych gatunków roślin na stresy abiotyczne”. Problematyka pracy w dużej mierze dotyczy metabolicznej odpowiedzi siewek na stresy abiotyczne. Czy można połączyć analizy metabolomu roślin z biomonitoringiem środowiska? Żeby poprawienie odpowiedzieć na to pytanie należy najpierw zastanowić się czym jest biomonitoring. Według ogólnodostępnego w Internecie słownika, pojęcie „biomonitoring” oznacza: „Działania polegające na obserwowaniu i ocenie stanu oraz zmian zachodzących w ekosystemach, składnikach różnorodności biologicznej i krajobrazowej, a także służące ocenie skuteczności stosowanych metod ochrony przyrody. W szerszym znaczeniu biomonitoring określany jest jakodziałania służące ocenie stanu środowiska za pomocą bioidentyfikatorów.” Można uznać, że rośliny są bioidentyfikatorami środowiska. Badając metabolizm roślin możliwe jest określenie czy żyją one w środowisku zanieczyszczonych. W związku z tym wydaje się, że analizy metabolomiczne roślin są idealne do biomonitoringu środowiska. Nie tylko pozwalają one ocenić w jakim stopniu zanieczyszczone jest środowisko, w którym roślina żyje, ale także w jaki sposób zanieczyszczenie wpływa na zmiany w metabolizmie roślin oraz jak roślina musi ‘przeprogramować’ swój metabolizm aby przetrwać w niekorzystnych dla niej warunkach.

Metabolomika jest nauką zajmującą się badaniem i analizą wszystkich metabolitów (metabolomu) w komórkach i tkankach żywych organizmów. Metabolity roślinne są produkowane podczas wzrostu, rozwoju i chemicznej obrony roślin przed zmianami klimatycznymi lub naturalnymi drapieżnikami. Analizy metabolomiczne można wykorzystywać do oceny stanu zanieczyszczenia środowiska poprzez oznaczenie zawartości substancji szkodliwych w organizmach roślinnych. Dzięki metabolomice możliwe jest wykrywanie zmian fizjologicznych w organizmie wywołanych obecnością w żywym ustroju substancji toksycznych.

Metabolity są produktami oraz półproduktami, które powstają podczas przemiany materii. Są to cząsteczki, których masa molekularna jest nie większa niż 1 kDa. U ludzi i zwierząt są to związki organiczne i nieorganiczne produkowane przez organizm. W przypadku roślin metabolity dzielimy na dwie podstawowe grupy, tzw. metabolity pierwotne oraz metabolity wtórne. Metabolity pierwotne są produktami podstawowych przemian metabolicznych, niezbędnych do wzrostu, rozwoju oraz reprodukcji. Natomiast metabolity wtóre nie są zaangażowane bezpośrednio w te procesy, jednak pełnią ważne funkcje ekologiczne.

Metoda ekstrakcji i platforma analityczna musi być starannie dobrana w zależności od rodzaju analizowanych metabolitów. Typowy sprzęt stosowany w analizach metabolomu to: jądrowy rezonans magnetyczny (ang. Nuclear Magnetic Resonance, NMR), spektroskopia w podczerwieni z transformacją Fouriera (ang. Fourier Transform Infrared Spectroscopy; FT-IR) i spektrometria mas (ang. Mass Spectrometry; MS) często w połączeniu z chromatografią gazową lub cieczową.

Strategie metabolomiczne wykorzystujące takie technologie charakteryzują się dwoma podejściami, zdefiniowanymi jako ukierunkowane i nieukierunkowane (ang.„targeted” i „non-targeted”). Podejście nieukierunkowane ma na celu zapewnienie przeglądu łatwo wykrywalnych metabolitów w dużej liczbie prób.

Podejście ukierunkowane pozwala na zoptymalizowanie pomiarów przeznaczonych do określonych grup metabolitów lub szlaków metabolicznych. Dzięki temu, oferuje ono korzyści w postaci poprawy ilościowej pozyskiwanych danych. W taki sposób można przygotować ocenę oddzielnych metabolitów, tj. kwasów organicznych, cukrów, wolnych aminokwasów i lipidów. Podejście to pozostaje najbardziej powszechnym i znajduje szerokie zastosowanie we wszystkich obszarach badań biologicznych.

Dzięki zastosowaniu w metabolomice wielu zaawansowanych technologii badawczych, możliwych jest kilka strategii analiz. Obecnie wyróżnia się cztery najbardziej popularne strategie:

• a) metaboliczne analizy celowane (ang. metabolite target analysis) – jest to podejście ograniczające się do identyfikacji jednego lub określonej grupy metabolitów; 
• b) profilowanie metaboliczne (ang. metabolite profiling) – skupia się na określonej grupie metabolicznej (np. aminokwasach) lub na metabolitach powiązanych ze sobą określonym szlakiem metabolicznym; 
• c) metaboliczny „odcisk palca” (ang. metabolite fingerprinting) – wykorzystywany jest do klasyfikacji próbek na podstawie ich pochodzenia lub znaczenia biologicznego. Jest to szybka i wydajna metoda, dzięki której uzyskuje się profile metaboliczne z surowych ekstraktów; 
• d) metaboliczny „odcisk stopy” (ang. metabolite footprinting) – polega na pomiarze metabolitów, które wydzielane są z komórek do otaczającego je środowiska. Jest to technika całkowicie nieinwazyjna, gdyż nie wymaga ekstrakcji metabolitów. 

Pomiary ilościowe i jakościowe szerokiego sprektrum metabolitów komórkowych zapewniają szczegółowy obraz stanu biochemicznego danego organizmu, który może zostać wykorzystany do monitorowania i oceny zarówno funkcji genów jak i oceny stanu środowiska. Jeśli jedna z roślin jest inna, np. w wyniku mutacji lub zaburzeń stanu środowiska, to jej podstawowy poziom metabolitów i to, w jaki sposób reaguje na zmiany środowiska, będą inne. Badania metabolomiczne mają na celu połączenie tych różnic z różnicami genetycznymi, które je pośrednio spowodowały. Powiązanie genomu i proteomu z metabolomem jest jednym z głównych zainteresowań badań ostatnich lat, prowadzonych na organizmach roślinnych.

Joanna Szablińska

Ogłoszenie o naborze na stanowisko PostDoc na Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego

Ogłoszenie o naborze na stanowisko PostDoc na Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Informuję, że w ramach projektu finansowanego przez Narodowe Centrum Nauki zostanie przeprowadzony nabór na stanowisko typu PostDoc na okres trzech lat (pełny etat). Zainteresowane osoby proszę o przesyłanie CV do końca sierpnia. Po przeanalizowaniu dotychczasowego dorobku kandydatów zostanie wyłoniona grupa kilku osób, które będą zaproszone w pierwszej połowie września na rozmowę kwalifikacyjną. 

Szczegóły naboru:

Wymagania:

1) Stopień doktora nauk biologicznych lub pokrewnych, ewentualnie udokumentowanie bliskiego terminu uzyskania doktoratu
2) Dorobek naukowy - publikacje w czasopismach o zasięgu międzynarodowym, udział w międzynarodowych i krajowych konferencjach naukowych
3) Znajomość teorii i metodologii z zakresu mikrobiologii, biologii molekularnej i biochemii, w szczególności: umiejętność pracy z hodowlami bakteryjnymi, doświadczenie w pracy z kwasami nukleinowymi, pozyskiwanie białek rekombinowanych, oczyszczanie białek różnymi technikami, wskazana także znajomość metod HPLC i MS

4) Umiejętność samodzielnej pracy badawczej, planowania i wykonywania doświadczeń oraz opracowywania danych i sporządzania raportów

5) Wykazywanie zainteresowania pracą badawczą
6) Gotowość do pogłębiania wiedzy i podejmowania nowych wyzwań
7) Determinacji, dokładność, pracowitość i samodyscyplina

Typ konkursu NCN: OPUS – NZ
Termin składania ofert: 20 wrzesień 2014
Forma składania ofert: email, zalecany format dokumentów - PDF

Warunki zatrudnienia:

Osoby zainteresowane proszone są o przesłanie
1) CV ze zdjęciem oraz listą dorobku naukowego (publikacje, konferencje itp)
2) danych kontaktowych do osób mogących udzielić rekomendacji

3) listu motywacyjnego

na adres email: dariusz.dziga@uj.edu.pl, z jednoznacznym tytułem maila (Imię_Nazwisko_OPUS6_aplikacja)

W treści maila proszę o umieszczenie następującej informacji: "Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych zawartych w zgłoszeniu dla potrzeb rekrutacji, zgodnie z ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 roku o ochronie danych osobowych. (Dz. U. z 2002 r. Nr 101, poz. 926 z pozn. zm.)". Brak zgody na przetwarzanie danych osobowych spowoduje, iż zgłoszenie nie zostanie uwzględnione.

Dodatkowe informacje:

Zastrzegam sobie prawo do odpowiedzi jedynie na wybrane zgłoszenia oraz dowolnego wyboru kandydatów. Terminy rozmów kwalifikacyjnych zostaną podane wybranym kandydatom indywidualnie w terminie późniejszym. 

II Olsztyńska Wystawa Dalii 30 – 31 sierpnia 2014r.

Zapraszamy na II Olsztyńską Wystawę Dalii oraz do udziału w konkursie na najpiękniejszą dalię 30-31 sierpnia 2014 r. w godz. 10.00-18.00 w szklarni WBiB (ul. Heweliusza 22, Olsztyn).

Innowacje w edukacji – rusza międzynarodowy program Sanoma Learning Lab

Po raz pierwszy polscy nauczyciele, pracownicy naukowi oraz studenci mają możliwość uczestniczenia w międzynarodowym programie i tworzenia innowacyjnych rozwiązań, które mogą wpłynąć na skuteczność nauczania. To unikalna szansa, aby rozwinąć swoje umiejętności i zdobyć wiedzę, która pozwoli zamienić pomysły w praktyczne rozwiązania i wdrożyć je w życie.

Sanoma Learning Lab to program mający na celu stworzenie innowacyjnych rozwiązań dla edukacji, które przyczynią się do poprawy wyników nauki, większej skuteczności nauczania oraz wzrostu zaangażowania uczniów w proces kształcenia się. Do programu zostali zaproszeni uczestnicy z 5 krajów europejskich: Polski, Holandii, Belgii, Szwecji i Finlandii. - Stale poszukujemy nowych sposobów wspierania uczniów i nauczycieli w procesie edukacji. Naszym celem jest opracowanie takich pomysłów na produkty i usługi edukacyjne, które podniosą efektywność nauczania i stworzą nową przestrzeń dla rozwoju przyszłych innowacji – podkreśla John Martin, Prezes Sanoma Learning.

Jak zgłosić się do programu Sanoma Learning Lab? Do programu Sanoma Learning Lab mogą zgłaszać się nauczyciele, dyrektorzy szkół, uczniowie, studenci i wykładowcy akademiccy. Aplikacje przyjmowane są do 24 sierpnia 2014. na stronie www.sanomalearninglab.com. W formularzu zgłoszeniowym należy opisać krótko swój innowacyjny pomysł dotyczący konkretnego produktu lub samego procesu uczenia.

Do programu zostanie zakwalifikowanych 50 najciekawszych innowacji z całej Europy. Program Sanoma Learning Lab potrwa od września do grudnia 2014 r. 3 października 2014 r. wszyscy uczestnicy programu spotkają się w Gdańsku na specjalnej konferencji otwierającej Sanoma Learning Lab.

Innowacyjne podejście w tworzeniu nowych rozwiązań edukacyjnych 

Uczestnicy programu będą działać w oparciu o model start-up’owy, w małych wielozadaniowych zespołach, pod kierunkiem specjalistów Grupy Sanoma. Zostaną również wdrożeni w nowoczesne trendy w edukacji, aby mogli rozwijać swoje pomysły w oparciu o najnowsze osiągnięcia, pod okiem światowej klasy mentorów oraz liderów rynku edukacyjnego. Udział w webinariach oraz praca w zespołach wymagają znajomości języka angielskiego w stopniu pozwalającym na swobodną konwersację z uczestnikami programu z innych państw. W Polsce program Sanoma Learning Lab realizowany jest przez wydawnictwo edukacyjne Nowa Era oraz firmę Young Digital Planet.

Sylwia Sasal

Rekrutacja kandydatów na Studia doktoranckie na Wydziale Biologii i Biotechnologii

Studia doktoranckie mają charakter stacjonarny i trwają 4 lata. Uczestnik studiów doktoranckich nabywa wszystkie uprawnienia i obowiązki określone w art. 195 i 196 ustawy z dnia 27.07.2005r. (tekst jednolity:Dz.U.2012.572 z późn.zm.).

Zainteresowani proszeni są o składanie dokumentów do dnia 5 września 2014 r. w Dziekanacie Wydziału Biologii i Biotechnologii UWM w Olsztynie (Kortowo, Collegium Biologiae, ul. Oczapowskiego 1a).

Wymagane dokumenty:

• 1. Podanie (na formularzu) 
• 2. Odpis dyplomu ukończenia studiów drugiego stopnia lub jednolitych magisterskich. 
• 3. Dokument potwierdzający ostateczny wynik studiów drugiego stopnia lub jednolitych magisterskich (bez wyrównania do pełnej oceny) wg wzoru określonego przez UWM. 
• 4. Fotografię w formie elektronicznej (format .jpg) na nośniku elektromagnetycznym. 
• 5. Dwie fotografie o wymiarach 35x45mm na jasnym tle, zgodnie z wymaganiami stosowanymi przy wydawaniu dowodów osobistych, opisane na odwrocie imieniem(imionami) i nazwiskiem oraz numerem PESEL. 
• 6. Kserokopia dowodu osobistego – kserokopia strony 1 i 2. 

Formularz podania jest do pobrania w Dziekanacie Wydziału lub przez internet na stronie www.uwm.edu.pl

Kryteria naboru na studia doktoranckie:

• 1. Warunkiem ubiegania się o przyjęcie na studia doktoranckie jest posiadanie dyplomu magistra lub dyplomu równorzędnego i zbieżność ukończonego kierunku studiów z dyscypliną naukową, w zakresie której realizowane będą studia doktoranckie. 
• 2. Ustny egzamin kwalifikacyjny z dyscypliny biologia w dniu 9 września 2014r. Egzamin składa się z dwóch pytań z podanego wykazu oraz jednego pytania z zakresu pracy doktorskiej przewidzianej do realizacji w danej Katedrze. 
• 3. W podaniu o przyjęcie na studia doktoranckie należy podać Jednostkę Wydziału, w której kandydat zgłasza chęć realizacji pracy doktorskiej; kandydat może wybrać więcej niż jedną Katedrę. 
• 4. Ostateczna kwalifikacja na studia doktoranckie będzie obejmowała rankingową listę kandydatów zgłoszonych do poszczególnych Katedr w ramach ich limitu. Ogłoszenie listy kandydatów przyjętych na studia doktoranckie nastąpi 11 września 2014 roku.

 Dziekan Wydziału Biologii i Biotechnologii prof. dr hab. Tadeusz Kamiński 

Zasady postępowania kwalifikacyjnego

• 1. W postępowaniu kwalifikacyjnym uwzględnia się: 1) Średnią ocen z egzaminu kwalifikacyjnego z danej dziedziny nauki/dyscypliny naukowej. 2) Wynik studiów magisterskich. 3) Ocenę na dyplomie ukończenia studiów. 
• 2. Ocena niedostateczna uzyskana z egzaminu kwalifikacyjnego dyskwalifikuje kandydata z dalszego postępowania rekrutacyjnego.

Nowy numer Głosu Przyrody

Ukazał sie wakacyjny numer edukacyjnego magazynu dla małych i duzych - Głos Przyrody. Na okladce, w lewym górnym roku, widać informację o naszym, wydziałowym patronacie. Poza wieloma informacjami przyrodnczymi na uwagę zasługują korespondencje młodych reporterów. Nauka dziennikarstwa obywatelskiego i podglądania przyrody od najmłodszego.

St.Cz.